Директор АТС-а одлучује о приговорима од стране било које особе или организације у вези са активностима АТС-а, које укључују и поступак рада запослених у АТС-у и екстерно ангажованих оцењивача и техничких експерата или активностима акредитоване организације, у складу са процедуром за решавање приговора и жалби.
АТС мора:

- разматрати оправданост приговора;
- када је то одговарајуће треба обезбедити да приговор најпре размотри акредитована организације за оцењивање усаглашености на који се он односи;
- предузети одговарајуће мере и оценити њихове ефекте;
- регистровати све приговоре и предузете мере и
- одговорити подносиоцу приговора.

Приговори се у писаној форми предају АТС-у лично или поштом у року од тридесет дана од када је подносилац приговора стекао сазнање о случају у вези кога подноси приговор.

Директор АТС-а врши преиспитивање приговора и формира Комисију за решавање приговора. Председник Комисије је, по правилу, представник руководства за систем менаџмента који је одговоран за спровођење поступка решавања приговора. Остала два члана Комисије се бирају из редова запослених, узимајући у обзир одсуство пословног интереса и чињеницу да чланови Комисије не смеју бити особе које су посредно или непосредно биле укључене или повезане са активностима које су предмет приговора, а у циљу обезбеђења независности, непристрасности и објективности.

Комисија у сарадњи са руководиоцем организационе јединице на коју се приговор односи припрема директору АТС-а извештај са предлогом за решавање приговора.

Након што се сакупе све релевантне информације у вези решавања приговора, по потреби и од акредитоване организације, Комисија формира извештај са предлогом решења приговора и исти доставља директору АТС-а.

У поступку решавања приговора директор АТС–а може да донесе одлуку о предузимању следећих активности:
- ванредно надзорно оцењивање акредитоване организације,
- ванредна интерна провера,
- тражење  мишљења од одговарајућег органа АТС-а.

Директор АТС-а доноси коначну одлуку о приговору узимајући у обзир предлог решења и све достављене релевантне информације.

Подносилац приговора се обавештава писаним путем о одлуци, у року не дужем од 30 дана од дана када је приговор евидентиран.

Жалбе на одлуке и акте о акредитацији решава Комисија за решавање по жалбама, у складу са процедуром за решавање приговора и жалби. Управни одбор АТС-а утврђује правила и критеријуме за именовање, задужење и рад Комисије за решавање по жалбама и идентификује стране које у њој учествују.
АТС мора:

- донети одлуку о основаности жалбе;
- обавестити организацију за оцењивање усаглашености о коначној одлуци АТС;
- предузети накнадне мере када је то потребно и
- водити записе о свим жалбама, коначним одлукама и накнадним мерама које су предузете.

Жалбе се подносе АТС-у у року од 30 дана од дана доношења неповољне одлуке.

Жалба мора да садржи основ за подношење жалбе, као и сву документацију, односно записе који поткрепљују наводе у жалби.

У циљу обезбеђења независности, непристрасности и објективности председник Комисије из редова чланова Комисије бира два члана Комисије који ће заједно са њим разматрати предметну жалбу,  узимајући у обзир одсуство пословног интереса и чињеницу да чланови Комисије не смеју бити особе које су посредно или непосредно биле укључене или повезане са активностима које су предмет жалбе.

У вези предмета жалбе Комисија може затражити додатне информације и записе од организације или АТС-а.

У року од 60 дана од дана завођења жалбе Комисија сачињава извештај који садржи препоруку о начину разрешења жалбе и доноси одлуку о основаности жалбе, са образложењем и о томе писаним путем обавештава подносиоца жалбе и директора АТС-а.

Уколико је мишљење Комисије да је жалба основана, директор АТС-а мора покренути накнадне активности у поступку акредитације и преиспитати донету одлуку у вези статуса акредитације.

Директор АТС-а  доноси коначну одлуку о акредитацији у року од 30 дана од дана када је Комисија донела одлуку о основаности жалбе и о томе обавештава подносиоца жалбе и Комисију.

Против одлуке Комисије и коначне одлуке АТС-а подносилац жалбе може покренути управни спор пред надлежним судом.


¹⁾Приговор
Израз незадовољства, осим жалбе, упућен акредитационом телу од стране било које особе или организације у вези са активностима акредитационог тела или акредитоване организације за оцењивање усаглашености, на који се очекује одговор.
²⁾Жалба
Захтев организација за оцењивање усаглашености акредитационом телу да поново размотри било коју, по организацију за оцењивање усаглашености, неповољну одлуку акредитационог тела, а која се односи на жељени статус акредитације.